No alvorecer do século XIX, em 16 de setembro de 1817, Antônio Barroso Pereira requisitou terras de sesmaria entre os rios Paraíba e Paraibuna, marcando a mais antiga referência ao território de Três Rios. Foi dessa concessão da coroa portuguesa que surgiu o primeiro nome do município, “Entre-Rios”.
Antônio Barroso Pereira estabeleceu cinco fazendas em sua propriedade territorial, com destaque para a fazenda Cantagalo, a principal delas, e suas dependências: fazendas Piracema, Rua-Direita, Boa União e Cachoeira.
Em 23 de junho de 1861, a rodovia União-Indústria, conectando Petrópolis a Juiz de Fora e atravessando as terras da fazenda Cantagalo, foi inaugurada, contando com a significativa contribuição do fazendeiro. Em reconhecimento a esse feito, o imperador Pedro II concedeu-lhe o título de Barão de Entre-Rios em 1852. A estação rodoviária local foi nomeada Estação de Entre-Rios em homenagem a ele, e o pequeno povoado que se formou nas proximidades passou a ser conhecido como Entre-Rios.
Em 1867, a Estrada de Ferro D. Pedro II alcançou a região, também com o apoio crucial do Barão. Após seu falecimento em 1862, a fazenda Cantagalo foi transmitida para sua filha, Mariana Claudina Pereira de Carvalho, posteriormente nomeada Condessa do Rio Novo.
Com a morte da Condessa em 5 de junho de 1882, ela legou a fazenda Cantagalo para a construção da Casa de Caridade, em Paraíba do Sul, recomendando que as terras próximas à Estação de Entre-Rios fossem destinadas aos que desejassem residir ali, garantindo recursos para a assistência social.
A oportunidade de arrendamento de terras impulsionou o progresso do local, já reconhecido como um importante ponto de interseção entre rodovia e ferrovia. Em 13 de agosto de 1890, pelo decreto 114, Entre-Rios tornou-se o 2º Distrito de Paraíba do Sul.
O rápido desenvolvimento, com maior população, eleitores e arrecadação, levou os habitantes locais a reivindicarem a emancipação de Paraíba do Sul no início dos anos 20.
Finalmente, em 14 de dezembro de 1938, pelo decreto 634, o distrito de Entre-Rios obteve sua emancipação política e administrativa, tornando-se município em 1º de janeiro de 1939.
Contudo, nos primeiros anos da década de 40, órgãos federais exigiram a mudança do nome do município, devido à existência de outras localidades com denominação semelhante. Em 31 de dezembro de 1943, pelo decreto-lei 1056, o município de Entre-Rios passou a ser chamado de TRÊS RIOS, em referência aos três rios mais importantes que cortavam seu território: Paraíba do Sul, Piabanha e Paraibuna.