Com a finalidade de diminuir a propagação do novo coronavírus, a SuperVia, em parceria com o Comando Conjunto do Leste, realizou uma higienização especial na estação de Nova Iguaçu. O produto usado foi uma solução à base de álcool 70% somada a hipoclorito de sódio para limpar áreas de acesso que entram em contato com os clientes. As Tropas militares vêm fazendo esse tipo de higienização desde março
Outras estações já receberam aplicação de produtos químicos, como a Central do Brasil, Vila Militar, Magalhães Bastos, Deodoro, Realengo, Maracanã, São Cristóvão, Olímpica de Engenho de Dentro e Méier.